Holmen 1650-1735
Danmarks første orlogsværft, Engelsborg, på den lille ø Slotø i Nakskov fjord. Rekonstruktionen viser en trekantet bedding, der fra det runde tårn strækker sig ud mod sejlløbet. Rekonstruktion: Lektor Marius Hansen.
Kortet viser København omkring 1650 med de nye voldanlæg (NyeWerck), der blev opført 1685-1700 angivet med stiplede linjer. Klik for at forstørre kortet.
Dette kort og kortene fra de følgende perioder findes i KØBENHAVN før og nu - eller aldrig, bind 8: Holmen af Sven Thostrup. Forlaget Palle Fogtdal 1989.
Allerede i 1400 tallet var der flådeværft på Slotsholmen. Desuden anlagdes tidligt værfter for krigsskibe ved Sønderborg og i Kalundborg. Omkring 1510 byggede kong Hans værftet Engelsborg på den lille ø Slotø i Nakskov fjord. Værftet er blevet udgravet omkring 1950. Engelsborg havde to "bradebænke" eller stabler, dvs. at der samtidig kunne bygges to skibe. Træet var egestammer, der blev fragtet over fra Lolland. Omkring 1550 oprettede Chr. 3 et nyt værft på Bremerholm (senere kaldet Gammelholm), der blev udbygget under Fr. 2. Det blev først endeligt nedlagt midt i 1800-tallet. Chr. 4 byggede flådehavnen Tøjhushavnen, men bygningen af Knippelsbro 1618-20 vanskeliggjorde besejlingen af havnen nordfra. Større skibe måtte nu lægges i Krabbeløkke Havn n. f. Christianshavn og materiel fra tøjhuset til orlogsskibene måtte fragtes på pramme. I 1679 var flåden vokset til 56 skibe og de tæt oplagte skibe var meget udsat for brandfare. I 1681 blev det bestemt, at der skulle anlægges et nyt flådeleje ud for Skt. Annæ Bro (hvor Kastellet senere blev bygget). Flådelejet blev anlagt som en pælespærring, kaldet "Hocken". Pæleanlæggets østlige og sydlige spærring mødtes ved Gamle batteri og et nyt batteri, Neptunus, anlagdes ved det nordøstlige hjørne. Indsejlingen til havnen skete nu gennem det kun 20m brede Bomløb. I perioden 1685-1700 anlagdes Nye Werck (Christianshavns Vold) med bastionerne (nævnt i rækkefølge fra sydvest) Ulrik, Sofie Hedevig, Wilhelm, Carl, Frederik, Charlotte Amalie og Chr. Quintus (senere blot Quintus), opkaldt efter Chr. 5´s børn og ham selv. Wilhelms og Carls Bastion blev forsynet med krudthuse i 1688 hhv. 1690. Krudthuset i Wilhelms Bastion er voldområdets ældste bevarede bygning. Inden for Nye Werck ligger vandområdet Erdkehlgraven. Det ejendommelige navn stammer fra tysk fæstningssprog, hvor en "Kehl" er bagsiden af en bastion, der kaldes "Erdkehl", når den når jordniveauet.

Nyholm
Anlæggelsen af Nyholm (1690) skyldtes ikke alene at det var vanskeligt at besejle værftsområdet på Gammelholm, men at den ringe vanddybde gjorde det vanskeligt at søsætte de stadig større orlogsskibe. Imellem Nyholm og Nye Werck anlagdes en kanal, den nuværende søminegrav. Allerede 1690 anlagdes en bedding på Nyholm og orlogsskibet Dannebroge, der blev køllagt i 1691 kunne som det første skib bygget på Nyholm, søsættes allerede i 1692 efter en byggetid på kun 9 mdr. Dannebroge endte sine dage i slaget i Køge Bugt 4. oktober 1710, hvor det kom i brand. Ledet af Ivar Huitfeldt fortsattes kampen fra skibet, indtil det eksploderede, hvorved 500 søfolk omkom. Vraget blev fundet 1872 og anker og en del kanoner opfisket. Ankeret er opstillet ved Arrestbygningen på Nyholm med en mindetavle.
I perioden 1700-1735 anlægges søbatterierne Trekroner (lidt nord for det nuværende trekroner) og Prøvestenen. Trekroner har navn efter et grundsat orlogsskib, der sammen med to andre danner kernen i opfyldningen. På Nyholm grundsattes ligeledes orlogsskibet Elephanten som led i en ny opfyldning. På Elephanten byggedes en 36 m høj mastekran. På Nyholm opføres en del bygninger, f.eks. østre og Vestre Takkeladshus (1723) til skibenes udrustning. Det er holmens ældste bevarede bygninger.
I 1723 erhverver søetaten den private holm Motzmanns Plads og opfører et hus til kanon-rapeter (rapeter er de vogne, kanonerne kører på).