Nyholm 1990 Arsenaløen 1990 Frederiksholm 1990 Bastionerne

Efter befrielsen overdroges Holmen til danskerne 11. maj 1945 og en flotille, som det var lykkedes at undslippe til Sverige ankom.  Under krigen var 570 skibe blevet minesprængt i danske farvande og der forestod et stort arbejde med at minestryge og afmærke sejlruterne. Den betydelige vareknaphed gjorde opgaven endnu mere påtrængende.
De 15 minestrygere, der var til rådighed var slet ikke tilstrækkelige og der blev lånt 10 fartøjer fra England og suppleret med yderligere 20 tidligere tyske fartøjer. I alt blev ca. 20.000 miner uskadeliggjort.
I efterkrigstiden finansieredes en del nybyggeri af skibe ved amerikanske tilskud, f.eks. med 50% amerikansk og 50% dansk finansiering.
Orlogsværftet lukkedes for nybygninger i 1970 efter politisk beslutning og beskæftigede sig derefter kun med reparations- og vedligeholdelsesopgaver. Værftet blev nedrevet 2001-02 i forbindelse med opførelsen af den nye Opera.

Byggearbejder
 De af Holmens bygninger, der havde været anvendt af tyskerne var i meget dårlig stand, f.eks. havde officersskolen været anvendt til lazaret. Den istandsattes og kunne tages i brug allerede i januar 1946.
På Frederiksholm blev kulissemagasinet til det Kgl. Teater nedrevet og i stedet byggedes barakker til undervisning af mather. De fik kun en levetid på knap 10 år fordi de lå i vejen for opførelsen den store byggehal, der senere blev kendt som Motortorpedobådshallen. Det betød også et farvel til den gamle Dehlehave (skure til opbevaring af træ). Den ny hal var en stor, lukket byggehal med et overdækket udrustningsbassin ud til Erdkehlgraven. Der var plads til seks torpedobåde. Motortorpedobådshallen er senere ombygget til eksklusive ejerlejligheder (færdige 2002).
1956 genopbyggedes Søværnets Minesektion på Quintus Bastion, der havde ligget i ruiner efter en eksplosion i 1951.
Mineværksteder efter eksplosionen 24. november 1951. Minerne blev opbevaret i et rum med trævægge opvarmet med en kakkelovn.
Under slukningsarbejdet under en brand i de skure, hvor minerne dengang opbevaredes eksploderede et antal miner og 16 omkom, heraf 11 brandfolk, tre fra Falcks Redningskorps og to fra marinen. 70 mennesker kvæstedes. Braget fra eksplosionen kunne høres i Malmø!
På ulykkesstedet opførtes en treetages Teknikerskole og kontorbygning i en noget kølig funktionalistisk stil. Bygningen var kendt under navnet "Hotel Lille Europa".
På nordsiden af Frederiksholm nedrevedes de gamle kanononbådsskure og erstattedes af et værksted for u-bådsakkumulatorer. Det er nu overtaget af Rytmisk Musikkonservatorium.
På Arsenaløen opførtes en treetages kontor- og artilleriværkstedsbygning, der var færdig 1961.

Holmen efter 1989
I 1989 nedlagdes store dele af holmen som flådeområde og kun Nyholm den vestlige del af Arsenaløen anvendes fortsat af marinen (Marinestation København). Efter flådens rømning er der opført boliger på Arsenaløen og Frederiksholm og mange bygninger er overgået til civile undervisningsformål:

Arsenaløen:
Andelsboligforeningen HalvTolv.

Frederiksholm:
Andelsboligforeningen Schifters Kvarter (færdig 2002-2003) og senere Andelsboligforeningen Frederiksholm (under opførelse 2004).
Takkeladshuset indrettes til ejerlejligheder (2002).
Hovedmagasinet og en række andre bygninger (Elektronikværkstedet (delvis), Grovsmedjen og Nordre kontor er overtaget af Kunstakademiets Arkitektskole.
Rytmisk Musikkonservatorium har overtaget Kobbersmedjen og ubådsakkumulatorværkstedet.
Statens Teaterskole har nu til huse i Magasinbygningen langs Danneskiold Samsøes Alle og det øst for liggende Maskinværksted.
Se kort over Frederiksholm 2004.